Sejak lulus dari jurusan Akuntansi di Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia, Bonny langsung bekerja di BPKP sejak 1987, sebab bagi lulusan fakultas ekonomi jurusan akuntansi untuk dapat memperoleh nomor register akuntan, menurut ketentuan dan peraturan yang ada saat itu, wajib bekerja di pemerintahan selama kurang lebih tiga tahun. Penempatan pertamanya adalah di Perwakilan BPKP Provinsi Jawa Tengah.
Sebelum diberi amanat sebagai Deputi Kepala BPKP Bidang Akuntan Negara yang diberi mandat melakukan pengawasan atas BUMN/BUMD/Badan Usaha Lainnya, selama 30 tahun itu Bonny telah bertugas di banyak daerah, seperti di Jawa Tengah, NTT, Sulawesi Utara, Lampung, Sumatera Utara, dan DKI Jakarta dengan berbagai jabatan.
Bonny juga telah menjabat sebagai komisaris utama PT Hotel Indonesia Natour pada tahun 2017-2022, dan saat ini terpilih kembali untuk menjadi komisaris utama PT Hotel Indonesia Natour berdasarkan Salinan Keputusan Menteri Badan Usaha Milik Negara dan Direktur Utama Perusahaan Perseroan (Persero) PT Aviasi Pariwisata Indonesia selaku para Pemegang Saham PT Hotel Indonesia Natour No. SK-9/MBU/01/2023 dan No. KEP.INJ.01.01/23/2023/A.0005.